Tak hanya sampai di sana, gaya politik Gus Dur pun berhasil memikat koalisi poros tengah untuk menunjuk Gus Dur sebagai calon presiden. Melalui proses pemungutan suara pada Sidang Umum MPR, Gus Dur pun terpilih menjadi Presiden RI dan Megawati Soekarnoputri sebagai wakilnya.
Pada Pemilu tahun 2004-2009, PKB kembali masuk dalam lingkaran lima besar. Dimana peringkat PKB pada waktu itu berada di peringkat ketiga dengan raihan 12.002.885 suara (10,61 persen) dan mendapat 52 kursi DPR RI.
Sayangnya, pada Pemilu 2009-2014 perolehan suara PKB melorot tajam. Partai anak kandung NU ini hanya meraih 5.146.302 suara (4,95 persen) dan mendapat 28 kursi DPR.
Barulah, pada era kepemimpinan Cak Imin PKB berada di jalur yang tepat untuk meraih kesuksesan dan menjadi partai pembela rakyat sejati.***