Beliau meninggalkan seorang istri dan tiga orang anak. Kepergiannya meninggalkan duka yang mendalam bagi keluarga, jamaah, dan umat Islam di Indonesia.
BIODATA LENGKAP Habib Hasan bin Ja'far Assegaf
-Nama Lengkap: Habib Hasan bin Ja'far Assegaf
-Agama: Islam
-Istri: Syarifah Muznah binti Ahmad Al-Haddad
-Anak:
-Rogayah
-Attos Abdullah
-Ali
Nama Pesantren yang didirikan: Majelis Nurul Musthofa