Indra tak butuh lama menganggur sebagai pelatih. Ia ditunjuk oleh manajemen Bali United untuk menukangi klub asal Pulau Dewata, sebelumnya bernama Pusam FC dengan pelatih Nilmaizar. Indra berhasil membawa Bali United menjadi salah satu tim yang disegani di kompetisi Indonesia.
Baru dua tahun di Bali United, Indra harus rela melepasnya. PSSI kembali meminta Indra untuk menangani Timnas U-19 per 2016. Indra pun menjawabnya dengan mencari dan membina talenta-talenta muda Indonesia untuk tampil di pentas dunia.***