Di Indonesia mejabat sebagai Menteri Negara Ristek/Kepala BPPT, memimpin 10 perusahaan BUMN Industri Strategis lalu dipilih MPR menjadi Wakil Presiden RI. Setelah lengsernya Presiden Soeharto, Habibie disumpah oleh Ketua Mahkamah Agung menjadi Presiden RI.
Soeharto menyerahkan jabatan presiden itu kepada Habibie berdasarkan Pasal 8 UUD 1945. Sampai akhirnya habibie pun dipaksa lengser akibat refrendum Timor Timur yang memilih merdeka.***